Le préfet de région représente le Premier ministre et les membres du gouvernement auprès des institutions régionales et dirige les services régionaux de l’État (à l'exception des services de l'éducation nationale, de la justice, des armées et des finances). Il est, en France, le dépositaire de l’autorité de l’État dans la région.

Depuis le décret du 16 février 2010, le préfet de région a autorité sur les préfets de département, sauf en matière de contrôle administratif, d’ordre public et de sécurité, d’entrée et de séjour des étrangers et de droit d’asile.