Le Secrétaire Général pour les Affaires Régionales assiste le préfet de région dans l’exercice de ses missions. Il dirige les services du Secrétariat Général aux Affaires Régionales (SGARSecrétariat général pour les affaires régionales) et assure la suppléance du préfet de région.

A la suite de la réforme territoriale de l’État et de la fusion des régions entrée en vigueur au 1er janvier 2016, le rôle du SGARSecrétariat général pour les affaires régionales a été redéfini autour de ses missions d’animation et de coordination interministérielle et ses missions d’impulsion des actions de modernisation.

Le SGARSecrétariat général pour les affaires régionales est donc réorganisé autour de deux pôles.

Le pôle des politiques publiques interministérielles (3PI) est chargé de l’animation régionale des politiques publiques et de la coordination interministérielle (Comité d’Administration Régionale – CARComité de l'administration régionale et Pré-CARComité de l'administration régionale). Il assure le pilotage du Contrat de Plan État-Région (CPERContrat plan Etat -Région) que ce soit du point de vue de l’élaboration, du suivi de l’évaluation ou de la révision et la coordination de la mise en œuvre des mesures territorialisées des comités interministériels (CIR, CIEC, Plan Jeunesse…). Ce pôle veille également au maintien de l’équilibre entre les territoires au sein de la région (aménagement du territoire, crédits d’intervention, avis sur les schémas prescripteurs de la nouvelle collectivité régionale).

Le pôle des moyens de la mutualisation et de la modernisation (P3M) assurera désormais en lien avec les Directions Régionales la mise en œuvre du Décret portant charte de la déconcentration. Il initiera également des actions de modernisation telles que les projets de simplification et de déploiement des projets numériques de l’État ou des dispositifs d’innovation territoriale. Il mènera la mutualisation en réseau des moyens de fonctionnement des services déconcentrés de l’État (notamment Immobilier, Achats et Ressources Humaines).