Dans ce cadre la région élabore un schéma régional de développement économique, d'internationalisation et d'innovation (SRDEII), nouveau document de programmation à valeur prescriptive. Il est l’expression de la politique de développement économique régionale. Sa procédure a fait l'objet d'une large concertation.
Le schéma adopté par le Conseil régional de Bourgogne-Franche-Comté lors de son assemblée plénière du 16 décembre 2016, respectant les dispositions de la loi NOTReNouvelle Organisation Territoriale de la République, a été approuvé par Mme la préfète de région par arrêté du 25 janvier 2017.

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