L’organisation des services de l’Etat dans la nouvelle grande région repose sur trois grands principes garants de l’équilibre des territoires et de l’efficacité de l’action de l’Etat.

- renforcer la fonction d’Etat-stratège, par la constitution d'un état-major de l’Etat resserré autour du préfet de région, à Lille, désigné chef-lieu de la grande région ;
 - conforter la fonction d’Etat-garant de l’équité des territoires, avec un équilibre territorial des administrations entre Lille et Amiens ;
 - développer la fonction d’Etat-partenaire, avec une administration modernisée et proche des citoyens au niveau départemental à partir d’un maillage territorial renforcé (directions départementales interministérielles, unités départementales, rôle des préfets de département) et d’une coopération privilégiée avec les collectivités territoriales.

Les directions régionales ont établi leurs organigrammes détaillés au 1er janvier 2016 et au 1er janvier 2019, identifiant les différents niveaux d’organisation de chacun des services, leurs missions, leurs rattachements hiérarchiques et leurs localisations . A la suite de la consultation de l’ensemble des comités techniques des directions régionales réunis en formation conjointe et à la validation du gouvernement, ce projet d’organisation est arrêté.

Les nouvelles directions régionales uniques , sur le périmètre de la grande région, sont opérationnelles depuis le 1er janvier 2016.

Le schéma prévoit le positionnement des agents de manière progressive sur les trois ans de mise en œuvre de la réforme territoriale de l’État, mais l’ensemble de la chaîne hiérarchique et des cadres dirigeants est en place depuis le début de l’année 2016.