Ancien élève de l’École nationale d’administration, promotion René Cassin, Christophe Noël du Payrat débute sa carrière en 2003 comme chef du secteur en charge du contrôle des concentrations d’entreprises au ministère de l’Économie et des Finances. Détaché à la direction générale de la concurrence de la Commission européenne en 2005, il occupe ensuite la fonction d’expert national, en charge du contrôle des aides d’État dans le secteur des services financiers et postaux.

En 2007, il est nommé sous-préfet, secrétaire général pour les affaires régionales à la préfecture de Mayotte avant de devenir en 2009 conseiller en charge des affaires économiques et de la transformation de Mayotte en département/région auprès de la ministre de l’Outre-mer, Marie-Luce Penchard.

De 2012 à 2015, il occupe la fonction de secrétaire général de la préfecture de Haute-Savoie, sous-préfet de l'arrondissement d'Annecy, avant de devenir directeur général des services du département des Alpes-Maritimes jusqu’en 2018.

Après une année d’engagement au service d’un foyer d’accueil inconditionnel dans les Cévennes, il rejoint en 2019 la mission d’appui à la gestion de crise Covid auprès du préfet du Morbihan.

Depuis août 2020, Christophe Noël du Payrat, occupait le poste de secrétaire général de la préfecture de la Gironde.

Désormais sous l’autorité du préfet de la région d’Île-de-France, préfet de Paris, Christophe Noël du Payrat animera et mettra en œuvre les politiques publiques à Paris.

Il succède à Magali Charbonneau, nommée directrice de cabinet du préfet de Police.